Fate/Stay Night nous conte l'histoire d'Emiya, un jeune homme capable d'analyser la structure des objets grâce à la magie. Enfant, Emiya fut témoin du dénouement tragique d'une guerre occulte opposant 7 magiciens et leurs serviteurs qui détruisit son quartier. Recueilli par un magicien, depuis décédé, Emiya est devenu un jeune homme solitaire doté de pouvoirs limités, capable de réparer les objets d'instinct et de lancer quelques sorts. Au cours d'une nuit tragique où il se retrouve à nouveau confronté à la guerre pour le Saint Graal, Emiya invoque Saber, l'ultime serviteur, et devra affronter les 6 autres magiciens malgré ses limites.